protein_complex_analysis: Скилл анализа белковых комплексов

--- name: protein_complex_analysis description: 'Анализ белковых комплексов - Визуализация и анализ белковых комплексов: загрузка структуры, визуализация комплекса, извлечение цепей и расчет показателей качества. Используйте этот навык для задач структурной биологии, связанных с получением данных о белках по коду PDB, визуализацией комплекса, извлечением цепей PDB и расчетом основных параметров PDB. Объединяет 4 инструмента из 1 SCP-сервера(ов).' i18n: zh: description: 蛋白质复合物可视化与分析。 --- # Визуализация и анализ белковых комплексов **Дисциплина**: Структурная биология | **Инструменты**: 4 | **Серверы**: 1 ## Описание Анализ белкового комплекса: загрузка структуры, визуализация комплекса, извлечение цепей и расчет показателей качества. ## Используемые инструменты - **`retrieve_protein_data_by_pdbcode`** от `server-2` (streamable-http) - `https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/2/DrugSDA-Tool` - **`visualize_complex`** от `server-2` (streamable-http) - `https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/2/DrugSDA-Tool` - **`extract_pdb_chains`** от `server-2` (streamable-http) - `https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/2/DrugSDA-Tool` - **`calculate_pdb_basic_info`** от `server-2` (streamable-http) - `https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/2/DrugSDA-Tool` ## Рабочий процесс 1. Загрузка структуры комплекса 2. Визуализация белок-лигандного комплекса 3. Извлечение отдельных цепей 4. Расчет структурных статистик ## Пример тестового случая ### Входные данные ```json { "pdb_code": "6LU7" } ``` ### Ожидаемые шаги 1. Загрузка структуры комплекса 2. Визуализация белок-лигандного комплекса 3. Извлечение отдельных цепей 4. Расчет структурных статистик ## Пример использования > **Примечание:** Замените `<YOUR_SCP_HUB_API_KEY>` на свой API-ключ SCP Hub. Вы можете получить его на [платформе SCP](https://scphub.intern-ai.org.cn). ```python import asyncio import json from mcp import ClientSession from mcp.client.streamable_http import streamablehttp_client from mcp.client.sse import sse_client SERVERS = { "server-2": "https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/2/DrugSDA-Tool" } async def connect(url, transport_type): transport = streamablehttp_client(url=url, headers={"SCP-HUB-API-KEY": "<YOUR_SCP_HUB_API_KEY>"}) read, write, _ = await transport.__aenter__() ctx = ClientSession(read, write) session = await ctx.__aenter__() await session.initialize() return session, ctx, transport def parse(result): try: if hasattr(result, 'content') and result.content: c = result.content[0] if hasattr(c, 'text'): try: return json.loads(c.text) except: return c.text return str(result) except: return str(result) async def main(): # Подключение к необходимым серверам sessions = {} sessions["server-2"], _, _ = await connect("https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/2/DrugSDA-Tool", "streamable-http") # Выполнение шагов рабочего процесса # Шаг 1: Загрузка структуры комплекса result_1 = await sessions["server-2"].call_tool("retrieve_protein_data_by_pdbcode", arguments={}) data_1 = parse(result_1) print(f"Результат шага 1: {json.dumps(data_1, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Шаг 2: Визуализация белок-лигандного комплекса result_2 = await sessions["server-2"].call_tool("visualize_complex", arguments={}) data_2 = parse(result_2) print(f"Результат шага 2: {json.dumps(data_2, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Шаг 3: Извлечение отдельных цепей result_3 = await sessions["server-2"].call_tool("extract_pdb_chains", arguments={}) data_3 = parse(result_3) print(f"Результат шага 3: {json.dumps(data_3, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Шаг 4: Расчет структурных статистик result_4 = await sessions["server-2"].call_tool("calculate_pdb_basic_info", arguments={}) data_4 = parse(result_4) print(f"Результат шага 4: {json.dumps(data_4, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Очистка print("Рабочий процесс завершен!") if __name__ == "__main__": asyncio.run(main()) ```