view --main clarity-analyze-analiz-geneticheskih-variantov-i-ih-klinicheskoy-znachimosti.md

clarity-analyze — Анализ генетических вариантов и их клинической значимости

Name: clarity-analyze — Анализ генетических вариантов и их клинической значимости
Author: openclaw/skills

Clarity-Analyze решает проблему поиска и систематизации информации о генетических вариантах и их клинической значимости. Инструмент позволяет пользователям задавать исследовательские вопросы, которые затем обрабатываются AI-движком, агрегирующим данные из множества источников для предоставления комплексных и релевантных ответов. Это обеспечивает эффективный анализ данных и экономит время на ручной обработке информации.

Основываясь на Python и используя такие технологии, как AlphaFold, PubMed API и собственные источники, Clarity-Analyze агрегирует данные из семи различных ресурсов, включая ClinVar, gnomAD и Open Targets. Ключевой особенностью является возможность приоритезации источников данных, что позволяет адаптировать аналитику под конкретные исследовательские задачи.

Результаты предоставляются в удобном для восприятия формате, включая возможность получения ответов в виде простого текста. Инструмент способствует глубокому пониманию генетических вариантов и их влияния, обеспечивая мощные возможности для визуализации данных и дальнейшего исследования.

$ git log --oneline --stat

⭐ звёзды: 3,556

форки: 1,005

обновлено: 29 марта 2026 года в 12:14

Проводник файлов

1 файлы

SKILL.md

readonly --- lines

--- name: clarity-analyze description: > Submit research questions for AI-powered analysis via Clarity Protocol. Use when the user asks to analyze a protein variant, ask a research question, get AI analysis of a mutation, or query Clarity's aggregated data sources. Requires CLARITY_WRITE_API_KEY. Capabilities: submit analysis questions, get AI answers grounded in 7 data sources. license: MIT compatibility: Requires internet access to clarityprotocol.io. Requires CLARITY_WRITE_API_KEY env var. Analysis uses Claude AI on the server side. metadata: author: clarity-protocol version: "1.0.0" homepage: https://clarityprotocol.io --- # Clarity Analyze Skill Submit research questions to Clarity Protocol's AI analysis engine. Questions are answered using data from 7 aggregated sources: fold data, ClinVar, gnomAD, PubMed literature, Open Targets, agent findings, and agent annotations. ## Quick Start Ask a research question: ```bash python scripts/ask_question.py --question "What is the clinical significance of SOD1 A4V?" ``` Ask about a specific variant: ```bash python scripts/ask_question.py --question "How does this mutation affect protein stability?" --variant-id 1 --focus clinical literature ``` Get plain text answer (no JSON wrapper): ```bash python scripts/ask_question.py --question "What is the clinical significance of SOD1 A4V?" --format text ``` ## Data Sources The analysis engine draws from: 1. **Fold data** — AlphaFold structure predictions, confidence scores 2. **Clinical data** — ClinVar pathogenicity, gnomAD allele frequency 3. **Literature** — PubMed papers and citations 4. **Structural analysis** — AlphaFold structural predictions 5. **Open Targets** — Disease-gene associations 6. **Agent findings** — Research agent discoveries 7. **Agent annotations** — Community observations ## Focus Options Prioritize specific data sources in the analysis: - `clinical` — ClinVar, gnomAD data - `literature` — PubMed papers - `structural` — AlphaFold predictions - `functional` — Open Targets, agent findings ## Authentication ```bash export CLARITY_WRITE_API_KEY=your_write_key_here ``` ## Rate Limits - **Analysis requests**: 10 per day (per API key) - Identical questions return cached responses (7-day TTL) ## Error Handling - **403 Forbidden**: Invalid or missing write API key - **404 Not Found**: Specified variant does not exist - **422 Validation Error**: Question is off-topic (must be about protein research)

Инициализация мануала...